台電擬在番仔澳西側海域興建深澳發電廠的卸煤專用碼頭引起各方質疑，尤其是位置正對著海科館，當然引起海科館籌備處反對，副總統呂秀蓮日前到基隆視察時，發現這個生態教育與能源政策衝突，為避免雙方基於本位主義各說各話，委請3位學者專家進行客觀評估，結果學者專家全都反對卸煤碼頭興建。

　　3位學者專家經過實地現勘後，他們提出海科館及台電卸煤碼頭均屬國家發展重要計畫，一為生態教育、一為能源供給，應請行政院宏觀評量台灣未來產業發展與能源供需，明確訂定能源政策，火力發電對二氧化碳排放衝擊與負擔也應有更長遠評估。

　　他們指出，由於番仔澳灣位居基隆海岸特殊海蝕平台地景，整體空間海域有限，既已計畫發展海科館、海洋牧場以及相關水域的教育活動，則任何與海科館功能目的不同的大型開發建設似乎無法兼蓄。

　　就大尺度地形景觀與海岸生態環境復育而言，番仔澳灣並不適合興建卸煤碼頭衍生的1400公尺防波堤。也有學者專家甚至提出，若在番仔澳建造防波堤，而對面就是宣傳海洋科技、文化和生態環境的博物館，卻與製造二氧化碳的設施放在一起，將是國際笑話。