菇舍消毒與堆肥上床，前者要在後者前約5天將菇舍清洗乾淨，再用蒸氣以70度消毒12小時或以福馬林燻蒸6小時，以減少日後蟲害發生機會。經戶外堆積完成之堆肥其含水量約72%。上床時，將堆肥搬入菇舍到魚菇床上並翻鬆之，以手稍壓平，厚度約30公分。堆肥上床先由最上層菇架往下層菇架。堆肥上床結束後，務必將菇舍地面徹底清掃乾淨，再用1%之馬拉松水溶液噴灑菇床底下之地面、通路及四周牆邊，期使後發酵時至堆肥掉落地面之害蟲全部殺死。
圖說：興家的現代化菇寮有著專用的發酵室，裡面的溫度與溼度超高的呢，整個眼鏡都霧濛濛的。
後發酵之目的在於殺滅堆肥中之洋菇病源、雜菌及害蟲，並利用溫度控制及通風設備促進堆肥轉化為菌之生長，使堆肥發酵過程中均勻地完成，消除堆肥內之氨氣，使堆肥具有選擇性，有利於洋菇菌絲之生長不利於病源雜菌或紅蜘蛛類生長。
堆肥堆積完成後，即把堆肥翻鬆不宜結塊，且迅速把堆肥送入菇舍，均置於菇舍床上，並應儘量整平，厚度約6~7吋，並注意菇床表面及四週之整齊；一般在堆肥上床，菇床整理完妥，清掃地面後即將菇舍密閉，並打開送風機，使菇舍內部空氣對流後，待第二天菇床溫度會自然上升，可自外酌以供送新鮮空氣；若堆肥溫度自然上升太慢或無法上升時，需予以人工加溫，用鍋爐(小型無壓力)供應蒸氣，以幫助溫度上升。
圖說：後發酵時，菇床上的溫合基質會進行著快速的發酵作用，並著生適合洋菇生氣的菌相條件。
後醱酵時間通常保持堆肥溫度在48~52’C二天以上，溫度與時間常受堆積方法、材料、堆肥成熟度及含水量等條件而定；後醱酵溫度、時間到達後，溫度會自動慢慢下降，酌以打開通風機，使菇舍內部空氣循環對流且上下溫度平圴，待菇床堆肥溫度慢慢下降至約25’C時，即可準備下種。
圖說：良好醱酵過的菇床，在下種後，可以見到洋菇的菌絲健康且快速的生長情形。
目的
後醱酵是利用自然或人工高溫減滅堆肥中有害之病蟲原体；其醱酵亦可說是室外堆積之延續，由於其溫度、水份、通風皆在控制之下，故可改善堆肥之理化性質與微生物相，使其適宜菌絲之成長，並可殺死部份病原胞子及害蟲；雖然矯正與調整堆肥的狀況是後醱酵重要工作之一，但主要作用在於轉化堆肥成分為洋菇菌絲所容易吸收利用之狀態，且對洋菇有害氨氣經微生物利用後，分成為蛋白質，這些微生物並合成大量維生素和生長物質，可以供應洋菇使用。