台灣被清朝統治之後,製糖業依然持續的發展,清末的時候大部分的糖廍聚集於今日的台南這一帶,可是相較於荷蘭與明鄭對糖業採取政府掌控專賣的態度,清朝對於糖業的發展較為自由放任,不過基本上清朝政府不太鼓勵種甘蔗製糖,反而是鼓勵種稻。
清朝初期臺灣糖進入中國大陸市場,往江蘇、浙江等地販售,雖有四川糖與之競爭,但臺灣糖在中國仍佔有一席之地,此外臺灣糖也持續對日本出口,由於製糖業的日漸興盛,當時在臺灣的一些通商口岸,形成了專門經營蔗糖買賣的郊商,如臺灣府城三郊之一的糖郊李勝興、笨南北港糖郊、鹿港糖郊金永興等。
在臺灣開港之後,臺灣糖的外銷市場逐漸擴大,但是後來由於中法戰爭期間的因素,法軍封鎖了臺灣港口,再加上清朝政府加收釐金稅等因素,及出口國對進口蔗糖課與重稅。台灣糖業不較以往繁盛。
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