蒸煮好後的黑豆放在大竹笊上冷卻，接著就是製麴，意即讓黑豆長出麴菌。以前 製麴須靠空氣中自然的麴菌附著生長，優劣不一，現在種麴已經商品化，品質一定，蔭油工廠都是購買種麴粉來拌。拌種麴粉時，並不是所有黑豆一起拌攪，而是先舀出一盆煮好的黑豆，將種麴粉加入拌勻，接著再將這盆黑豆分別舀入竹笊內，與其他黑豆翻攪，麴菌自然會擴散生絲。

種麴拌好後，就在室內(通常稱為麴室或製麴室)置放3-5天，讓菌絲生長，靜置天數依天氣冷熱而有不同，天氣冷不利菌絲生長，此時可以蓋上麻布保溫；天氣悶熱時，則要通風；濕度高，就要開除濕機。由於溫度會隨季節或早晚有所不同，因此製麴時，每天半夜都要到製麴室檢視，並翻攪豆麴。等到黑豆包覆著一層黃綠色外皮，表示菌絲已深入黑豆內瓣，即可出趜。在以前，有懷孕及坐月子的婦人不可以進入製麴室的迷信，怕麴菌長不出來，現代已經沒有這種禁忌了。

洗麴指的是將黑豆表面的麴菌洗去，有人會說好不容易才培養出麴菌，為何要洗掉？其實麴菌早已深入黑豆內瓣，洗去外皮菌絲及孢子並不會影像後續的作用，況且不洗麴就直接下缸的話，那做出來的醬汁會有濃重的霉味及苦味，影響蔭油品質。

目前洗麴是使用半機械化的豆麴攪拌洗滌機(下圖)，每一分鐘可以洗約10公斤的黑豆，早期沒有機械洗麴，必須將製麴好的黑豆挑到旁邊的嘉南大圳，利用流水來手工洗麴，不但費力，且洗的時間較長，往往會造成一些可溶性氮的溶解及損失。