16世紀，由於日本和明朝的關係惡化，國內資源短缺，只得通過南方的薩摩藩與琉球進行貿易，從東南亞運回海產品和一些奢侈用品，又從琉球與明朝的貿易當中獲得所需要的緊缺物資，也使琉球的經濟發展增速。日本的薩摩藩於1609年（後陽成天皇慶長14年）侵入琉球，俘虜了琉球王，還侵佔了琉球群島北部的一些島嶼。

從另一方面講，琉球與薩摩藩的交往還不是正式的官方交往，琉球與薩摩藩的交往僅僅保留在軍事和經濟層面上。琉球也把日本視為相對清朝而言的「夷」，是處於平等地位的兩個國家。當日本定下侵略朝鮮，攻入清朝的軍事政策後，琉球處在兩大強國之間，必然會因為傾向問題而受到另一方的侵略。琉球直到明亡之後與日本的關係還局限於經濟方面。政治方面，琉球國曾經向日本薩摩藩和江戶幕府派使者朝貢。