紅麴號稱「血液清道夫」，可用於保健養生。李時珍所著本草綱目亦有對紅麴的相關文字紀錄。

近年來，健康養生意識蔚為風潮，紅麴菌逐漸被證實含有膽固醇合成抑制劑—紅麴菌素K（Monacolin K），尤其能優先降低導致動脈硬化的壞膽固醇。

科學證實紅麴菌會產生多種對人體有益的重要物質，亦可改善代謝症候群(高血脂、高血壓、高血糖、肥胖等)，因為紅麴所含的「HMG-CoA 還原酵素抑制劑」，能讓高血脂病患的膽固醇下降，且無明顯副作用；醫師表示，25%不適用藥物、營養補充及運動治療的高血壓患者，只要搭配使用紅麴清醇膠囊，就可有效控制膽固醇。紅麴菌還能幫助消化、去油解膩，排除身體的負擔，也具有抗疲勞、預防癌症的功效，為忙碌的現代人提供最佳健康良方。

食用紅麴膠囊保健品時，若患有嚴重疾病、感染病、幼童等特殊狀況，必須依照醫師指示食用。為了避免發生交互作用，不要將紅麴與葡萄柚(葡萄柚果汁)一起食用。另外，紅麴擁有活血的功效，所以孕婦不宜食用。