災後重建是條漫長的路，為能迅速推動莫拉克災後重建工作，馬英九總統於2009年8月15日召開國家安全會議，裁示中央與地方應分別設置災後重建推動委員會，推動重建工作。行政院乃以任務編組的型態，於2009年8月15日成立了「行政院莫拉克颱風災後重建推動委員會（以下簡稱重建會）」，負責規劃與推動重建工作。

　　2009年8月27日，立法院也《莫拉克颱風災後重建特別條例》通過，並於2009年8月28日公布施行，其中的第四條規定讓重建會組織得以建立於法源依據上。

　　莫拉克風災受災地區大多是中、南部地區，行政院重建會成立後，乃於高雄建置南部辦公室，縮短行政事項的時程，與災民能夠短距離接觸，了解災民所需，迅速進行相關重建工作。

　　重建會工作範圍面積將近半個臺灣，且多屬偏遠高山地區，但相關人力卻不多，大約五十人，大多由各部會人員調兼，雖然是有限人力要辦理多項相關工程、家園及產業重建等工作，但所有成員在陳振川執行長帶領下，勞心勞力親自奔走各災區，與民眾面對面溝通、協調，及時面對問題、解決問題，以愛心、責任心擔負起重建大任。

　　依據《莫拉克颱風災後重建特別條例》的內容，條例適用期間為三年，應於2012年8月29日屆滿，而行政院重建會也應隨之結束，但為了能夠繼續推動重建未及執行的計畫與工作，立法院特於2011年通過修正案，修正第30條條文，讓莫拉克重建 三年期限得延長兩年。2012年行政院重建會第29次委員會議隨之決議：莫拉克災後重建工作酌予延長，延長期間最多以兩年為限，行政院重建會組織也配合延長。 然根據修正案內容，重建會亦將於2014年八月解散，成員則各自歸建原單位。