碧雲寺位於關子嶺半山腰，背倚秀麗的枕頭山，臨高遠眺，廣闊的嘉南平原隱約在望，白河水庫，盡入眼簾。

在清乾隆五十七年（西元1792年），有位李應祥文士，恭請一尊觀世音菩薩聖像，隻身渡海來台，終於在枕頭山南腰發現「半壁吊燈火」之靈穴，故在此處結茅構宇。

日據時期，佛剎道觀被大肆破壞，加上碧雲寺為林添、黃玉麟、黃振等反日志士的根據地，因而難逃厄運，損毀頗重。後賴各地信士發起募捐，集資改建，才能恢復往日舊觀。先總統 蔣公亦曾親臨獻香，並蒙賜匾額「凌霄寶殿」，為碧雲寺帶來無上殊榮。

值得一提的是，蔣公曾賜匾「凌霄寶殿」的「清虛宮」，又名「天公廟」，主祀玉皇上帝，於是，碧雲寺卻像是佛道融合的佛寺了。

碧雲寺旁也有一處家喻戶曉的「出米洞」，相傳從前會自動露米出來，足夠寺中使用，後來有一貪心僧人，偷挖了一整晚並將米占為己有，從此出米洞便不再出米，這是大家津津樂道的傳奇故事。雖說「出米洞」已不再出米，但遺跡仍留於碧雲寺山門之旁，可前來一觀。

碧雲寺是國家三級古蹟，古意甚濃，由上往下俯瞰，大片美景，盡收眼底，心胸頓時開闊。而此廟的信仰神像是佛道混合，所以在廟裡有時可見到佛像，有時可見到道教神像，非常特殊，且廟後還有可飲用的龍泉水，有興趣的民眾可以去試試看喔！