近年來政府要重點開發鯉魚潭，目前潭邊設有遊艇碼頭，停泊船隻常逾百艘，包括六人座的動汽艇和手划船、腳踏車等，冬天來此渡冬的野鳥常受汽艇干擾，近幾年有擇往他處棲息的現象。 而且遊艇廢水（油污）、商家廢水 ( 清潔劑、廚房、廁所廢水 ) 、等等，也會直接排入潭中，造成水質惡化的來源之一。近年來政府要重點開發鯉魚潭，擬於潭北興建五星級大飯店，增建更多人工設施，如步道、公路、烤肉區、腳踏車道、公園、停車場等，這些表面上看起來極為文明的行為，其實嚴重破壞了自然生態。