鯉魚潭的潭水面積是有季節性變化，夏秋雨季可達 104 公頃，冬季縮至 80 公頃。由地質觀點來看，湖泊長於淤積、蒸發、滲透而逐漸縮小，故鯉魚潭也漸漸的在縮小中但速度較慢，主要由於除雨水的供應外，還有地下水的補注。而鯉魚潭的藻華大多出現在秋冬末期的季節，不同於一般溫帶湖泊出現在春季。之所以會有別於溫帶湖泊的原因，是因為春夏季鯉魚潭的降水量較多，所以累積的營積的營養鹽會被大量的雨水所稀釋，藻類並無大量繁殖的現象；隨著秋季的到來，鯉魚潭進入雨量較少的季節，水體中的營養鹽因潭水變少而濃縮，加上此時日照充，所以提供了水體中藻類有利的繁殖條件，因此爆發出藻華的現象。每逢鯉魚潭面臨枯水期及氣溫驟降時，隨著潭水優養化而群魚暴斃，經研究是因為氣溫驟降及立克次體所感染。去年十二月九日寒流過境，潭中魚兒再次大量死亡，經調查結果是產氣單細胞菌作怪，顯示水質已受污染；潭邊住家的污水排放、山上大量噴灑農藥、機動汽艇機油不小心遺漏等，都 會影響潭水的潔淨，達爾文曾說水是自然的原動力，潔淨的潭水能提供無數的生息，如何保持水質清澈並維護周圍環境的自然，是需要有關單位及所有關心環境的朋友來集思廣益，使其能永續。 另外『小葉蔓澤蘭』在台灣生長於 1000 公尺以下之中低海拔山野開闊地、谷、荒地、荒廢果園及道路兩旁，花期為 11 月至翌年 1 月，種子在台灣約於 11 月中旬至 12 月下旬成熟，種子量多輕盈可隨風飄遠，繁殖力強。由於其快速生長攀援於林木，被其覆蓋包住的樹木，常無法獲得充分光照與空氣，最後死亡，隨之影響鳥類或其它野生動物的棲息，形成經濟上及生態上嚴重危害。故被稱為 “ 生態殺手 ” 或 “ 綠癌 ”，所以，也使得鯉魚潭的生態越來越壞。