旗津的歷史，要從一個古老的神話傳說談起，很久以前，旗津島上出現了一個海盜叫林道乾，因為妄想稱帝而興兵作亂，結果在打狗地區被官兵圍攻無法脫逃，林道乾情急之下拿起寶劍順手一揮，劈開了擋住去路的打狗山，趁著海水湧入之際，以草席充當船隻，逃過了官兵的圍剿，但是旗後山從此就和打狗山分離了。其實旗津較具有根據的歷史，其精采的經歷也不輸於傳說。

雍正四年（西元1726年），荷蘭傳教士編纂的台灣地圖，稱旗后為「漢德那斯島」，歐洲人也稱旗后半島為「沙拉生頭」。咸豐十年（西元1860年）因英法聯軍之役而訂立《北京條約》，使旗后成為通商口岸，也讓那時的旗津有如萬商雲集百業鼎盛，因而成為了高雄首善之區。

在電信方面，牡丹社事件後，丁日昌撫閩，於光緒三年奏准電報線二線，其中一線自台南到旗后，總長約95華里（約為47.5公里），且設置「旗后分局」為台灣電報局之創始。
打狗時代的旗津，在市政上佔有重要一頁。宣統元年（西元1909年），打狗區役場設在大竹里旗后街，管轄大竹里內的鹽埕莊、鳥松、旗津街、中洲及興隆內里的哨船頭街、鹽埕埔等。至民國九年成立高雄街，那時的街役場移於哨船頭，在此之前的十年間，旗后一直是高雄市政的重心。

旗津自民國56年第二港口開闢後，又成為孤立的離島，對外交通只有接駁船。幸而「高雄港過港隧道工程處」成立後，於民國73年5月完成通車，更助長了旗津的觀光發展。旗津所度過的歲月，給了高雄最重要的一切。