北門驛是早期阿里山森林鐵路的起點，使嘉義市成為阿里山入口門戶。當時阿里山森林鐵路運送下山的木材聚集於此，促使北門驛周邊木材行及製材工廠生意興隆，並帶動附近商業發展，見證了阿里山林業開發的歷史。

　　日治時期日本人在1899年發現阿里山大片檜木林，決定開發，開始籌建森林鐵道。1910年阿里山鐵路通車，將台灣上等檜木、扁柏轉運到台灣平地及日本蓋神社。運材鐵道起點站設在嘉義北門，日本人稱車站為驛，所以這個車站就命名為「北門驛」。北門驛是阿里山鐵路的起點車站，車站建築全部使用阿里山的高級紅檜建材所造，因此，造型相當典雅。

　　北門驛不同於阿里山沿線車站，因為林務管理、鐵路機械維修以及製材需要，從北門驛延伸的廣大腹地設了營林所、北門修理工廠、嘉義製材場、大如湖泊的貯木池，林業與鐵道繁榮了嘉義，北門驛一帶曾是全台灣最大的木材交易市場。

　　在阿里山森林資源停止開採後，阿里山鐵路的主要用途逐漸轉為觀光客運使用。今日的北門車站更分為位於鐵路北側的新站與位於南側的舊站兩部分，實際的旅客運輸業務目前已完全由北邊的新站負責，而舊站則改作為紀念館與觀光使用。