即使設備充足，若執法人員不重視、甚至帶頭違反保育規定，有再先進的設備也是枉然。海巡署人員怠忽職守的新聞時常聽聞，海巡署應該嚴加管理，以免破壞形象或成為外國的笑柄。以下是國際珍古德教育及保育協會的一份報告，一個執法人員怠忽職守的例子。海巡署駐守在東沙、南沙的士官兵連續涉嫌虐待保育類的動物綠蠵龜，甚至將鯊魚的嘴塞香菸。原本應該保護海洋生物的執法人員，卻做出如此誇張的行為，雖然已經依法移送檢調偵辦，但已凸顯海巡署對內部人員教育訓練及管控之不足，也危害到其他國家對台灣海洋保育能力與努力的質疑。