明清時期

高雄港所在地明朝後期原為漁村，荷蘭與鄭成功據台時期都有開拓，清初已成為高屏地區商品集散中樞，原稱打狗港，1858根據中英天津條約開放通商，1863年成立海關，在當時打狗港原是南部僅次於安平港的第二大港，但由於後來安平港港口淤積嚴重，使得當時的洋船都難以進入，打狗港於是取而代之。1865年英國在旗後山建造領事館，由於此時打狗港附近的腹地逐漸開發，加以物價低廉，因此逐漸吸引外商前來採購民生物品以及投資。從此打狗港便成為英、美商人爭逐的焦點，但其後由於美商經營不善，因此打狗港逐漸成為英商的地盤。

^日治時期

1895年根據馬關條約台灣割讓日本，台灣民主國成立並發起戰事抵抗，日軍 於1896年9月方佔領港區。日本為強化本港貨運功能，在1904開始把港口淤沙挖出，作為填築擴建打狗停車場之用，1905年（明治38年）於旗後成立打狗港灣改良工程事務所，並於1905、1906兩年進行對打狗港精密採勘，認為打狗港灣自然形成，其地形、氣象等條件相當有利於建港，可使其成為南台灣物質集散中心。於1907年開始進行第一期築港工程，主要內容為:港口整理、碼頭工程、增設道路、鐵路、倉庫及裝卸機具、哨船頭北側海埔地區的填築（新市街用地及開鑿運河）。於1912年完成。由於築港工程的進行，打狗港的營運量亦突飛猛進，至1912年其貨物吞吐量竟達44萬噸，其貿易總額佔全島的37.54%，直追同年的基隆港（佔全島39.53%），為配合時代需要，台灣總督府乃依1911年（明治44年）打狗港築港出張所所長山形要助所提出第二期築港工程計畫書，於1912年（大正元年）開始實施第二期築港工程，預計以10年，至1922年完工。主要內容為：增設防波堤、濬深外港航道、港口擴充、內港錨地、增建碼頭、哨船頭運河及漁船渠之修護工程、填築用地。高雄港第二期築港工程完工後，港內可停泊三千至一萬噸級船隻26艘，七七事變後為配合戰時需求並成為前進南洋基地，乃決定於1937年起，以六年為期，預算金額770萬圓，進行第三期築港工程，但因戰爭後期經費短缺，有部份未能施行。　

1945年日本戰敗，中華民國政府接收臺灣後，於10月正式成立「高雄港務局」主管本港業務，至1955年始恢復本港正常營運。1959年後，高雄港展開十二年擴建計畫等多項措施，至1980年已有深水碼頭27座，淺水碼頭2座。附設高雄加工出口區、前鎮漁港、臨海工業區、一貫作業大煉鋼廠、中國造船廠（台灣中船），以及第一、二、三、四貨櫃中心等。至2000年，高雄港再度建成5個貨櫃中心，8個新建深水碼頭，營運貨櫃能力達到1,000萬箱。高雄港曾長期位居世界货柜吞吐量第三大港，僅次於香港與新加坡。貨櫃進出口於2004年達到歷史紀錄940萬箱。近來由於受到區域內其他港口，包括傳統大港香港、釜山以及新興港口深圳鹽田、上海洋山、浙江寧波、山東青島之競爭挑戰，本港吞吐略有下滑，2005年吞吐貨櫃為947萬箱，是全球前二十大港中，唯一吞吐衰退者。目前高雄港貨運吞吐量佔全國三分之二。2004年高雄港進出港船次約為39,000艘次，為歷年最高峰。2005年為38,000艘次，2008年最新的排名為12名，已跌出10之內。