保安宮是由同安人興建而成，據傳早期同安人的祖先來到大龍峒一代開發，因為水土不服，很多人都生病了，於是他們就將同安鄉的神明「保生大帝」乞靈分火來到大龍峒 。因為他們希望保生大帝能保佑住在這裡的同安人，因此，就就廟宇的名稱取名為「保安宮」，也就是保佑同安人的意思。
一開始，因為經費不夠，只能蓋一座木造的廟宇，後來因為保生大帝展現神蹟的傳說廣為流傳，因此信眾就增加了許多，並於乾隆二十五年（1760年）建成正式的宮殿。而保安宮今日的規模則是由歷年來的多次修建而成，以下將保安宮的修建歷史整理成表格：
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1755年 |
建造正式廟宇以供奉保生大帝。 |
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1805年 |
1805年 附近仕紳共同集資重建保安宮。 |
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1830年 |
重建完工，建築包含前殿、正殿、後殿及東西護室，完工後並正式命名為「保安宮」。而當時所使用的建材仍有剩餘，因此在保安宮西南興建兩排共四十四間店鋪，就是所稱的「四十四坎」，也因此帶動保安宮附近的商業，使周遭開始聚集人潮。 |
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1853年 |
頂下郊拼，下郊被打敗後，曾以保安宮為避難所。 |
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1859年 |
漳泉械鬥，漳州人偷襲保安宮。 |
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1868年 |
進行整修。 |
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1895年 |
日軍接領台灣，圓山的火藥庫也曾發生爆炸，波及保安宮 |
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1898年 |
1898年 保安宮被日本佔據，並在保安宮旁設立國語學校第三附屬班及製筵會社，隨後又改為大龍公學校。 |
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1917年 |
大整修，由陳應彬、郭塔進行對場競藝。 |
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1945年 |
台灣光復，保安宮管理員大多離開或亡故，保安宮的事物幾乎停擺。 |
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1949年 |
保安宮為國軍及其眷屬安身之處，使保安宮香火面臨危機。 |
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1952年 |
地方人士成立保安宮臨時重整委員會。 |
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1957年 |
成立保安宮管理委員會。 |
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1966年 |
遷走軍眷，並拆除違建進行重修。 |
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1994年 |
結合傳統廟會活動與現代文化發展「保生文化祭」活動。 |
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1995年 |
進行大規模整修，結合傳統技法並加入現代科技進行整修工作。 |
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2003年 |
獲得亞太文化資產獎 |
什麼是「天子門生府」呢？ 這得先告訴你源由：以前只要是想要當官的，就得參加「科舉考試」，凡是參加殿試及格，由天子親自錄取的人，皆可自稱「天子門生」。據說當年曾淪為乞丐的薛平貴、鄭元和二個人，後來都風風光光的成為天子門生，所以，只要是這兩位乞丐的祖師爺住過的房舍，都統稱是「天子門生府」，後世的乞丐跟著依樣畫葫蘆了。
那為什麼保安宮有「天子門生府」呢？這得先得說「頂下郊拼」的故事：保安宮是位於「大龍峒」，這些大龍峒的居民大部分都是來自大陸家鄉的同一個村莊的人。通常，同一個家鄉的人，就會團結一致，所以，做生意的時候也是會互相幫忙，團結一致。「郊行」就是同一 個家鄉的人，所成立的商業團體，就好像現在的「公會」。
住在龍山寺附近的是來自晉江、南安、惠安的人，他們的郊行因為貨品是銷售到福州以北，所以稱為「頂郊」，而來自於同安的人，他們的貨品是銷售到福州以南，所以稱為「下郊」，他們跟大龍峒保安宮的同安人是來自同一個家鄉。
因為「頂郊人」比「下郊人」先來台灣發展，因此，「頂郊」在碼頭的勢力比較大，而引起「下郊」的不滿，兩方的人馬常常會引起一些糾紛，而大打出手，通常就會把就些糾紛稱為「械鬥」。
在西元1853年，「頂郊」和「下郊」發生了大規模的械鬥，而失敗的「下郊人」就逃到了「大龍峒保安宮」。「頂郊人」就請住在八芝蘭(現在的士林)的彰州人計畫偷襲保安宮，而住在保安宮附近的乞丐聽到了這個消息，就決定要保衛保安宮，他們把自己裝作是一隊軍隊，讓漳州人以為保安宮的戒備森嚴，就放棄了攻打的計畫。
乞丐們保住了保安宮，大家為了感謝他們，在保安宮重修建的時候，就在宮後加蓋了「天子門生府」提供給乞丐們居住，以免他們流落街頭，就這是「天子門生府」的由來。後來，保安宮重建時，就重蓋了大雄寶殿和凌霄寶殿。
