日月潭的鳥類生態也相富豐富,在地的 「留鳥」及過渡的 「候鳥」,共約有12科37種,包括了一般的陸鳥、山鳥、雁鴨水鳥類及日行性與夜行性的猛禽。經常可看見乘著熱氣流翱翔的大冠鷲、於潭面悠閒覓食的夜鷺及白鷺等鳥類。