雖然底拖網增加了捕獲量，但是底拖網也會破壞海底的地形環境，例如說美麗的珊瑚 。漁民陳燦章說，拖網會造成珊瑚礁破壞，「生態可以說是全滅，因為會破壞海床。」珊瑚專家陳昭倫呼籲，底拖網是連漁業署都承認「所有魚法中對海洋生態傷害最大的魚法之一」。底拖船在同一地點拖上數次後，就揚棄漁場；20年前東北角、澎湖和台灣的西海岸的海洋資源就是這樣消失的，且至今無法恢復。

高雄海洋科技大學漁業生產與管理教授陳朝清指出，目前台灣的捕撈方式中，傷害台灣海域最大的就是「沿近雙拖」，寬約200公尺，深約40公尺，範圍幾乎從水面到海底的雙拖快速網，捕2、3小時就可以抓1噸的魚，但90％都是沒有經濟價值下雜魚（幼魚或非成魚），被丟棄或加工製造成飼料魚粉。我們為了滿足人類的口腹之慾，捕獲了我們不吃的魚類，忽視這些下雜魚是食物鍊的基層。當這些基層的魚被一網打盡捕撈後，傷害的是整個食物鍊。

以基隆嶼為例，有漁民炸魚造成當地海底景觀及棲所的破壞，另外有漁船以電魚方式，一網打盡所有底棲生物。

圖片來源：http://imgs.ntdtv.com/pic/2012/12-28/p2974441a131056154.jpg

毒魚新聞也時有所聞，2012年10月在台南海域附近即逮捕毒魚集團使用氰化物來毒魚。當地漁民認為沿海毒魚猖獗，而漁業資源愈來愈匱乏，出海能捕獲的魚越來越少，「就算10艘漁船的漁獲，也不及毒魚集團一次漁獲。」